澳門企業計畫投資內地時，稅務負擔往往是其優先考慮的問題。澳門實施簡單稅制和低稅政策，對企業營運收入課征所得補充稅；而內地則實行分類所得稅制，對不同性質所得專案，分別扣除費用，採用不同稅率計稅，並按所得性質不同採取差別稅率。澳門所得補充稅稅率由3%至12%不等，近年更透過年度財政預算案，臨時性設立了60萬澳門元的免稅額，比對內地企業所得稅稅率25%，澳門稅負明顯較低。 為鼓勵企業到合作區投資和經營，並優先照顧澳門發展需要和澳門企業的利益，《方案》第十條推出了以下三項具針對性的稅務優惠政策：

對合作區符合條件的產業企業減按15% 的稅率徵收企業所得稅，將有利於澳門經濟適度多元化發展的產業全部納入政策範圍；

對企業符合條件的資本性支出，允許在支出發生當期一次性稅前扣除或加速折舊和攤銷；

對在合作區設立的旅遊業、現代服務業、高新技術產業企業新增境外直接投資取得的所得，免征企業所得稅。